本实用新型公开了智能双电瓶隔离控制器，包括安装板，所述安装板的上端设置有减震结构，所述减震结构包括导向套、活塞柱以及减震弹簧，所述减震结构的上端连接有托板，所述托板的上端安装有控制器箱体，所述控制器箱体的上端连接有散热板。本实用新型中，通过设置减震结构以及缓冲弹簧，可以将车体行进过程中产生的震动在传递至控制器时进行削弱、抵消，从而可以对控制器内部的电子元件进行保护，可以延长控制的使用寿命，降低使用成本；通过设置散热板，并将散热板活动卡嵌在控制器箱体内，利用固定螺栓进行固定，不仅可以增加控制器的散热面积，提高散热效果，还方便对散热板进行拆卸，有利于后期对控制器内部进检修维护。