本发明公开了一种自散热双电瓶隔离保护控制器，包括壳体、主体以及控制按钮和接线柱，还包括辅助散热机构、设置在辅助散热机构上的半导体制冷片、设置在壳体两侧的通风孔以及设置在壳体顶端的散热风扇；辅助散热机构被配置为使壳体顶端打开和壳体内腔通过通风孔与外界连通，外界空气从通风孔进入壳体内腔并从壳体顶端经散热风扇向外散失；还包括设于壳体内的温度控制单元和温度传感器，温度控制单元的输入端信号连接温度传感器，温度控制单元的输出端信号连接散热风扇和半导体制冷片。本发明结构设计巧妙，安装方便，可根据实际散热需求开启壳体或关闭，散热效果好，自动化程度高，提高了双电瓶隔离保护控制器的使用稳定性。