本实用新型的实施例涉及一种手术显微镜自动对焦系统，包括显微镜本体，所述显微镜本体的内壁固定连接有手术显微镜镜头，手术显微镜镜头的底端固定连接有毫米波传感器，显微镜本体的内部一侧内壁固定连接有电动马达；本实用新型能够当安装在手术显微镜镜头底部的毫米波传感器检测到手术创面的距离后,能够实时显示在焦距状态显示屏上,通过电动马达转动带动马达齿轮在焦距调节齿条上移动，电动马达是工业机器人所用的精密减速机，具有较高的定位精度，调节到系统预设的焦距时马达自动停止工作，实现了手术显微镜能够自动进行快速对焦，提高了对焦的精度，保证了手术视野的清晰度，便于不同科室使用。