本发明公开了一种显微镜自动对焦装置，包括固定组件，具有竖向支撑单元和上安装单元；相机拍摄组件，设置在上安装单元；物镜组件，设置在位于相机拍摄组件下方的竖向支撑单元上，物镜组件的物镜顶部与相机拍摄组件连接在一起；传动机构，驱动物镜组件上升和下降，调整物镜和待检玻片之间的焦距；物镜对焦检测组件；载物组件；及光源组件。本发明的物镜组件、载物组件和光源组件同轴设置在立板上且相机拍摄组件设置在上安装板上，颠覆了传统标准显微镜的结构设计，设计更加合理，结构更加紧凑，且传动机构设置在位于载物组件和载物组件之间，结构紧凑，能够与玻片的送片和退片装置匹配，为实现玻片的完全自动化镜检打下基础。