本实用新型公开了一种模组化单件分离系统，包括：架体，所述架体内设有安装腔，所述安装腔内设有若干个呈矩阵型排列的运输单元；每个所述运输单元的驱动轮上均设有电子离合，使每个运输单元均独立运行；在所述安装腔的底面，且位于每两列所述运输单元之间设有传动件，使每个所述运输单元的驱动轮啮合于所述传动件；所述安装腔的下方固设有动力组件，使动力组件配合于传动件。减去了物流行业高峰时期包裹吞吐量大造成输送系统阻塞停止的风险，提高了整个物流系统的流畅程度。采用模块化设计，将运输单元集成在安装腔内，并利用公差带配合及重力以卡夹方式安装在架体上，互换性较高，装拆方便，便于维护和管理。