本实用新型提供一种软式内镜密封保护装置，包括防护套，所述防护套从内到外分别设置有内护层、缓冲防撞层和外护层，所述防护套的一端呈开口设置，所述防护套的开口处设置有密封套，所述密封套的内壁之间设置有双封条，所述防护套的外表面设置有抽气外壳，所述抽气外壳的内部开设有空腔，所述空腔的内部设置有单向抽气机构。该实用新型，结构简单，操作方便，可对使用消毒后的软式内镜进行密封真空保存，避免长期挂置在墙上滋生细菌，并能够是患者在使用时更加放心，同时对软式内镜起到很好的保护作用，避免在移动运输的过程中导致对软式内镜造成损伤。