本实用新型提供无菌取水器，其特征在于包括水样筒体、检测瓶体、取样管、水泵、出水管、输送管、密封结构，所述水样筒体与检测瓶体的出水口分别设置有密封结构，所述检测瓶体的底部开设有密封槽，该密封槽中安装有水泵，所述水泵的出水口连接有出水管，所述出水管和输送管连接，所述水泵的进水口连接有取样管的一端，所述取样管的另一端延伸至水样筒体内部；水泵启动，使得水样筒体产生负压，水样由取样管进入检测瓶体，最后通过出水管、输送管进入检测瓶体完成取样，此取样过程相较于现有技术，完全处于内部取样，通过水泵取样不会发生倾洒，使得取样过程更加易操作、省时、省力、提高工作效率，降低了污染几率。