本实用新型公开了一种高纯度藻蓝蛋白分离装置，包括分离箱和固定板，所述分离箱的内底壁固定连接一个伸缩架，所述伸缩架的相对内壁之间共同固定连接有一根滑动杆，所述分离箱的内部设置有一个固定板，所述固定板相对于滑动杆的位置贯穿开设有一个滑槽，本实用有益效果是：开启箱门，将藻蓝蛋白提取液放置在分离筒内，开启加热装置与电机，电机带动转动杆与搅拌杆对藻蓝蛋白提取液进行搅拌，加快藻蓝蛋白提取液的蒸发，再开启排气扇将水蒸气吹收集箱内，收集箱对水蒸气进行冷却液化并通过出料管排出，当分离筒分离完成后，启动伸缩气缸使分离筒呈倾斜状，藻蓝蛋白从分离筒内落下，避免水残留在藻蓝蛋白内，影响藻蓝蛋白的品质。