本实用新型公开了一种灭菌器的真空发生系统，包括灭菌器本体，供液水箱、水泵、单向阀以及负压发生器通过管路与所述灭菌器本体连通并形成真空发生系统，通过采用水泵循环系统代替真空泵循环系统，通过水泵提供高速水流送入负压发生器，在混合室周围产生亚音速流动产生真空，真空吸入口吸取灭菌器本体内的空气以及不凝结气体，在流体经过喷射管后又返回到供液水箱中，反复循环使用，使系统中真空度能保持恒定，无气蚀现象，延长水泵的使用寿命，降低设备的维修率；同时，供液水箱中设置第一容腔和第二容腔以及循环腔，使水箱内的液体能够实现整体循环，提高水资源的利用率，更符合环保需求。