本实用新型涉及一种菌体清洗装置，包括驱动机构和容置在容器内的清洗件，清洗件包括多个三棱锥，三棱锥的三个侧面交汇处形成尖端，三棱锥内部容纳有第一金属块。当驱动机构驱动清洗件绕容器的轴线转动时，在第一金属块的重力作用下，清洗件受到向外的离心力，同时在容器内壁的限位作用下，清洗件与容器的内壁接触，从而使得尖端将内壁附着的菌体块刮下，从而实现容器的清洗。由于相邻的侧棱之间距离较远，因此菌体块不易残留在清洗件上，在取出清洗件后，由于清洗件上不易粘附菌体块，因此能够降低残余菌体对实验环境造成污染的风险，提升清洗容器的便利性。