本申请涉及一种自然水体生态修复系统，属于水体生态修复技术领域，包括水体和湿地，所述水体内部设置有修复组件，所述湿地表面种植有修复植被，所述修复组件包括定床、淤泥层和水生生物，所述定床上种植有水体植被。该自然水体生态修复系统，通过设置位于湿地上的修复植被配合湿地土壤形成土壤生态系统，能够改善水体侧边上的温度和湿度，同时能够稳定边坡防止水土流失，同时减少有机物的冲击影响；通过设置水体内的修复组件将水体分为底层、中层和表层进行分层改善，并能够相互之间形成交互，来对水体的整个立体结构进行改善，使得水体生态达到平衡，提高水体自身的修复稳定能力，从而改善水体生态修复工程后水体返污的问题。