本实用新型涉及一种金鱼、草药立体生态种养系统，包括养殖区和设置于所述养殖区一侧的循环过滤池，所述循环过滤池包括连续排列并依次连通的沉淀区、过滤区、消毒区，所述沉淀区的底部与所述养殖区连通，所述消毒区通过管路与所述养殖区连通；所述养殖区和循环过滤池的外侧设置有种植区，所述种植区的上方设置有灌溉系统，所述灌溉系统包括浇灌管路和设置于沉淀区的提拉装置；通过提拉装置可以将沉淀区的沉积物转运至浇灌管路，然后通过浇灌管路对种植区的藤本草药进行浇灌，实现循环无污染的立体生产模式；另外藤本草药可提供季节周期性的遮光效果，能合理控制养殖区浮游植物的数量，使水中浮游植物的数量达到适于鱼类生长的最佳水平。