本实用新型提供一种药物中间体生产用纯化水系统，包括通过管道相连的原水箱和纯化水箱，以及依次连接在原水箱和纯化水箱之间的多介质过滤单元、杀菌单元以及反渗透单元；所述多介质过滤单元包括通过管道依次连接的石英砂过滤器、多介质过滤器、活性炭过滤器、无杂储水箱；所述杀菌单元包括紫外线杀菌器、除菌过滤器、无菌水箱。本实用新型涉及药物中间体生产用纯化水系统，该纯化水系统包括多介质过滤单元，该过滤单元利用具有不同特性的过滤介质对原水进行第一步的过滤，将原水中的悬浮物、有机物、胶质颗粒、微生物、氯、嗅味及部分重金属离子等杂质分批进行过滤，提高过滤效率，节约过滤的时间成本。