本实用新型提供了一种养殖废水自养脱氮装置，目的是解决现有技术中污水中总氮去除效果差和脱氮成本高的问题。本装置包括：箱体，底部侧壁上设有进水口和出渣口，顶部设有出水口；曝气器，设置在所述箱体的底部；厌氧氨氧化菌包埋体悬浮填料，设置在所述箱体内部；其中，所述曝气器包括：曝气风机、与曝气风机连接的曝气连接管的一端连接，曝气连接管的另一端与曝气头连接，保护套安装在曝气头外侧。本实用新型通过将进水口设置在箱体底部，出水口位于箱体的顶部，方便污水混合均匀，且在箱体内培养有厌氧氨氧化菌，通过控制污水中的溶氧、氮素含量，以达到提高厌氧氨氧化菌活性的效果，从而在有效去除总氮的同时降低脱氮成本。