可在线清洗灭菌的原料药冻干机出料系统，包括冻干箱、清洗灭菌罐、隔离器、以及吸料枪和吸料枪驱动装置，冻干箱和清洗灭菌罐位于隔离器的同一侧，冻干箱和清洗灭菌罐靠近隔离器的一侧分别设有出料门和清洗灭菌门，吸料枪连接有出料管组件，出料管组件延伸至隔离器外，吸料枪上设有密封座，吸料枪另一端穿设于一对导向轮之间，一对导向轮连接有调节机构。清洗灭菌方法，包括S1、原料药出料；S2、原料药出料完成后，吸料枪驱动装置带动吸料枪退出冻干箱，出料门关闭；S3、吸料枪在线清洗灭菌；S4、完成在线清洗灭菌后，吸料枪驱动装置带动吸料枪退出清洗灭菌罐，清洗灭菌门关闭。本实用新型具有结构简单、可靠，可实现在线清洗灭菌等优点。