本实用新型公开了一种冻干机出料料斗清洗灭菌装置，包括出料小车及设于出料小车上的出料料斗，还包括设于冻干机一侧的安装支架，所述安装支架上设有用于密封所述出料料斗的盖板，所述出料小车上设有用于使所述出料料斗升降的升降机构或所述安装支架上设有用于使所述盖板升降的升降机构，所述盖板上设有清洗灭菌进口，所述出料料斗上设有出料口。本实用新型可以实现出料料斗的在线清洗和高温蒸汽灭菌，自动化程度高，效率高，整个过程无需人工干预，避免了交叉污染的问题；盖板靠近冻干机布置，方便清洗灭菌进口连接冻干机已有的清洗水管路、高温蒸汽管路，节约成本。