本实用新型属于药物加工装置技术领域，具体涉及一种冻干机吸料枪在线清洗灭菌装置。所述冻干机吸料枪在线清洗灭菌装置包括隔离器、安装在隔离器内部的吸料枪和粉碎机、与吸料枪匹配连接的枪座；隔离器内部还安装有升降装置和伺服电机；粉碎机的下端开口与清洗管入口相连，上端开口通过软管和吸料管路与吸料枪相连；吸料枪的枪盘与枪座的枪托通过紧固螺栓密封连接，枪座的排水口与排水管路相连，排水管路上依次安装有温度探头、气动阀、在线电导率仪、在线TOC探头和疏水阀。所述冻干机吸料枪在线清洗灭菌装置实现了吸料枪的在线清洗、灭菌，减少了人员操作，减少了机件安装过程中的污染风险，同时保证清洗、灭菌的效果符合GMP要求。