本申请实施例涉及一种移液吸嘴清洗灭菌装置及清洗灭菌方法，所述移液吸嘴清洗灭菌装置包括清洗池、设在清洗池内壁上的固定翼、设在固定翼上的清洗板、第二端固定在清洗板上的锥形管、设在清洗池上的第一清洗单元、设在清洗池内的第二清洗单元以及排水单元，清洗板将清洗池内的空间分为下清洗腔和上清洗腔，锥形管的第二端向远离清洗板的方向延伸，远离清洗板的方向上，锥形管的内腔的截面积趋于减小，第一清洗单元能够伸入到上清洗腔内并抵接在清洗板上，第二清洗单元位于下清洗腔内且能够抵接锥形管上，排水单元的两个输入端分别与下清洗腔和上清洗腔连接。本申请实施例公开的移液吸嘴清洗灭菌装置，通过内外侧单独清洗的方式对移液吸嘴进行彻底清洗。