本实用新型提供一种用于控制农村面源污染的末端三级人工湿地系统，包括：处理池；管道，所述管道设置于所述处理池的两侧；石笼，所述石笼设置于所述处理池内部的左侧；砾石层，所述砾石层设置于所述处理池内部的底部且位于所述石笼的右侧，所述砾石层的顶部设置有种植土。本实用新型提供的一种用于控制农村面源污染的末端三级人工湿地系统，在农村各类面源污染经过适当的预处理系统后，通过管道流入该系统中，再通过砾石层、第一无纺布、第二无纺布、素土、石笼、芦苇、种植土、处理池等结构之间的相互配合从而对污染物进行进一步降级，从而达到消减污染物浓度，从而使其进入河流后，不会对河流造成污染。