本实用新型公开了一种进境粮食杂质分离灭菌系统，滚筒清理筛的小杂出口经磁选除铁器与去石机的入口相连，去石机的石块出口及滚筒清理筛的重杂出口与缓冲罐的入口相连，缓冲罐的出口与湿热灭活罐的进料口相连；滚筒清理筛的排风口与布袋除尘器一的入口相连；去石机的排风口与旋风分离器一的入口相连，旋风分离器一的排风口通过引风机一与布袋除尘器一的入口相连，去石机的轻杂出口及旋风分离器一的排料口共同经缓存仓与粉碎机的入口相连，粉碎机的出料口与粉碎输送机的入口相连，布袋除尘器一的排料口也与粉碎输送机的入口相连，粉碎输送机的出口经风送管道与熟化系统相连。本系统可以将无机杂质彻底分离出来进行单独灭菌，且安全可靠。