本实用新型公开了一种处理高盐废水的三室生物电化学装置，其包括阳极室、脱盐室、阴极室、设置在阴极室与脱盐室之间的阳离子交换膜、设置在脱盐室与阳极室之间的阴离子交换膜、悬挂于阳极室中部的碳纤维刷阳极、悬挂于阴极室中部的空气阴极、可变电阻、直流电源、控制系统及阳极室进液泵、阳极室出液泵、脱盐室进液泵、脱盐室出液泵、阴极室进液泵、阴极室出液泵，脱盐室分别与阳极室、阴极室连通，碳纤维刷阳极、直流电源、可变电阻和空气阴极依次连接；控制系统用于实时监测直流电源的电压且与前述各泵分别通信连接，该装置无需人为进行调控，可自动化进行阳极与阴极液的更换，更为便捷、高效，在一定程度上将间歇运行变“连续运行”。