本发明公开了一种基于自编码器的蛋白质降解靶向嵌合体的连接体设计方法，包括以下步骤：将已有的蛋白质降解靶向嵌合体的连接体用分子库中的各种小分子进行替换，剔除不符合化学规则的替换，得到大量的伪嵌合体分子，将这些伪嵌合体分子按一定的比例划分为训练集和验证集；设计一个连接体设计网络，在训练集上训练，能够较好地重建出每一个输入分子的连接体；将在伪嵌合体分子集上训练好的模型在真实嵌合体分子集上进行微调；将最终训练好的网络在测试集上进行验证，并测试解码器对于从给定分布得到的随机采样的生成效果。