本发明提供一种全自动驾驶轨道交通车辆并网供电控制系统及方法，该系统中当交通车辆上电激活时，车辆控制模块控制中压母线接触器断开，并向各个辅助逆变器发送独立运行指令；每一辅助逆变器根据独立运行指令执行自检操作，当检测到正常工作时，控制辅助逆变器中的辅助接触器闭合，以为负载供电；车辆控制模块检测到交通车辆进入全自动驾驶模式时，撤销检测指令，以使辅助逆变器控制所述辅助接触器断开；待各个辅助接触器断开后，车辆控制模块控制中压母线接触器闭合，执行并网操作，辅助接触器只需断开一次，解决了中压母线接触器带载分断的问题，提高了辅助接触器与中压母线接触器的使用寿命，提高了全自动驾驶车辆辅助系统的可靠性。