一种用于水锤防护的磁流变蓄能器及其安装方法、控制系统，所述磁流变蓄能器包括带有密封腔的壳体，所述密封腔内设有活塞体、磁流变机构；所述活塞体包括第一活塞、第二活塞和连接部，第一活塞、第二活塞外周与壳体内壁配合，连接部设在第一活塞和第二活塞之间；所述磁流变机构设在连接部与壳体内壁之间；所述活塞体两端外侧分别设有复位机构和通流孔，通流孔开设在壳体上；当输送管道发生水锤冲击时，流体经通流孔推动活塞体向复位机构侧移动，磁流变机构产生阻尼力对水锤冲击做出控制；当水锤冲击结束，活塞体在复位机构的推动下向通流孔侧移动复位。本发明的磁流变蓄能器为半主动控制器件；设备本体及装配占用空间小、结构紧凑、设计合理。