本申请公开一种生物底改复合微生物菌剂及其制作方法，属于水厂养殖领域，包括芽孢杆菌、硝化细菌、硫化细菌和光合细菌；本发明的生物底改是一种全新的底质改良理念，它视池塘养殖水域为独立的生态系统，旨在通过菌相、藻相保持池塘生态系统的稳定。这类底改主要通过有益微生物的生长繁殖，在底部形成优势种群，强力分解底部有机物，将其转化成二氧化碳、硝酸盐、硫酸盐等无机营养物质，供藻类和水草吸收生长，改善底部环境，挤压有害菌的生存空间，抑制病原菌滋生。有益微生物能改善养殖动物体内微生态平衡，提高健康水平，同时作为高质量的单细胞蛋白能促进养殖动物生长，增产增效。