本发明涉及一种新能源船舶不间断供电配系统及其控制方法，通过岸电和应急发电机连接至交流配电板，将双向可逆变频模块和日用变压器连接与交流配电板和直流配电板之间，并配置相应的供配电控制系统的方案；将传统的大功率整流模块和日用逆变模块合二为一，将岸侧大功率日用变压器和船上日用变压器合二为一，节省了船舶的空间和设备的价格，解决了共模电压问题；通过有效的控制逻辑和控制方法，实现电池组、应急发电机、交流岸电箱三种电源的不间断切换，正常航行、应急航行和靠港充电三种工况之间不断电切换，提升了电池动力船舶的安全性、体验感和自动化水平。