本发明公开了一种用于废水处理的复合菌剂及其制备方法，其中复合菌剂包括腐败希瓦氏菌、类产碱假单胞菌和改性沸石，本发明将壳聚糖引入到沸石上，提高了沸石的吸附性能，接着进行复合改性，将磷酸铁引入到沸石上，铁离子可以作为混凝剂，与壳聚糖协同作用对污水中的氨氮物质进行絮凝沉降，极大提高了复合菌剂的生物硝化性能，此外，铁离子可以增加细菌生物膜中有机聚合物的含量，有机聚合物的胶体网络结构可将细胞聚集在一起，同时使生物膜粘附在沸石载体表面，增加了沸石载体与微生物之间的连接性，有效防止微生物泄露，使复合菌剂能够保持稳定的生物硝化效果。