本发明公开了一种包裹体微区取样系统，包括偏光显微镜、电脑、偏转台、钻针显微操作组件、取样组件、钻机控制器、取样控制器、玻璃毛细管显微操作组件显微操作组件；偏光显微镜顶部设有摄像头，摄像头与电脑电性连接；钻针显微操作组件包括钻机底座，钻机底座上依次设有磁力万向节、三维操作手、钻机装置，钻机装置远离三维操作手的端部设有钻针；偏转台位于偏光显微镜的载物台上，偏转台上设有加热装置。本发明与现有技术相比的优点在于：能够有效地对单个包裹体取样且不破坏包裹体内部物质的化学性质，还可以封存纯度极高，并可进一步改装电动系统提高工作效率。另外对于取粉末样品是该发明的基础功能，直接钻取矿物即可获得粉末。