本发明公开了一种电化学氧化辅助电穿孔消毒装置、方法与应用，该装置包括依次连接的进水箱、蠕动泵、电极固定架和出水箱，电极固定架上安装竖直平行设置的细长微纳结构修饰网状电极和电化学催化网状电极，细长微纳结构修饰网状电极与外接电源的负极电连接，电化学催化网状电极与外接电源的正极电连接。该方法包括：开启蠕动泵和外接电源，则进水箱内的含微生物废水经蠕动泵抽送至电极固定架，依次流经细长微纳结构修饰网状电极和电化学催化网状电极，废水中微生物被杀灭，消毒后的废水进入出水箱。该发明的装置及方法，能够实现在低操作电压下，高流速、大通量微生物高效消毒。