本发明公开了两歧双歧杆菌(Bifidobacterium bifidum)的分离方法，包括氨基化磁性纳米粒子与聚酰胺‑胺树枝状大分子的偶联、链霉亲和素偶联聚酰胺‑胺包被的磁性纳米粒子、生物素化适配体与链霉亲和素化的磁性纳米粒子的结合、聚酰胺‑胺和适配体共修饰的磁性纳米粒子复合物捕获样品液中的目的菌，通过外加磁场的作用，将被捕获目标菌与样品液进行分离，并进行重悬等步骤。本发明通过磁分离捕获到的目的菌可以直接进行后续分析，与传统的细菌磁分离方法相比，该方法可以对食品基质中的两歧双歧杆菌进行磁分离，提高了样品中目的菌分离效率，同时降低了成本。