本发明于中药炮制技术领域，公开了一种中草药原料双破壁处理方法及其应用。通过将中草药粗粉碎，便于中草药原料发酵时接触面积增大，而且减少原料粉碎过程中损失；将粗粉碎后的原料分别在复合菌液A中进行一次发酵，复合菌液B中进行二次发酵。两次发酵的过程利用菌种对原料进行破壁，将原料中的有效活性成分进行充分分解析出，提高活性成分的含量，中药多糖成分促进各发酵菌种的增长，各种抑菌成分抑制有害菌生长，提高中药原液的药效，便于使用者吸收。通过对获得的中药原渣进行物理破壁后提纯的方式，再一次将原料中的有效成分进行了获取，不仅提高了药用成分的含量，而且更易被人体吸收，药效与普通炮制方法相比可提高10‑20倍。