本发明公开了一种餐厨垃圾固液两相资源全回收处理方法及系统。该方法包括：对餐厨垃圾进行固液分离，得到固相物和液相物；在所述固相物中添加辅料和菌剂进行底物调节得到混合溶液，将所述混合溶液送至发酵反应器中，在加热条件下进行曝气好氧发酵，得到有机肥；去除所述液相物中油脂，将去除油脂后的液相物送至流化床反应器中，向流化床反应器中添加含镁离子溶液和诱导载体进行诱导结晶反应，反应后得到鸟粪石结晶。本发明采用好氧发酵和鸟粪石沉淀相耦合的方式来处理餐厨垃圾，达到了资源全回收的目的，本发明具有处理周期短、处理效率高等优点。