本发明公开了一种基于双二阶广义积分器的磁悬浮转子同频振动力抑制方法，包括如下步骤：首先建立考虑转子质量不平衡的磁悬浮转子动力学模型，然后采用基于双二阶广义积分器的磁悬浮转子同频振动力抑制方法。其中，同频振动力的抑制取决于转速信号，双二阶广义积分器可以利用转子质量不平衡产生的扰动信号的频率自适应的估计出转子转速并抑制磁悬浮转子系统产生的同频振动力。针对构造同频振动力的电流刚度和位移刚度存在误差的问题，提出一种刚度比值的同频振动力构造方法，提高了同频振动力的抑制精度。引入相位补偿角可以保证系统在全转速范围内的稳定性。本发明中的双二阶广义积分器结构简单，在实际应用中很方便，适用于存在转子质量不平衡的磁悬浮控制力矩陀螺同频振动力的抑制。