本发明提供一种基于病例组合的医生住院服务绩效评估方法及系统，方法包括以下步骤：在所述科室分类组的基础上建立规范的数据类型并进行相关变量的数据描述，得到标准病案数据；建立科室分类组的分类节点变量；基于组内方差最小和组间方差最大的原则构建病例组合，得到病历分组结果；基于所述病历分组结果计算绩效评估值，使用加权来计算医生绩效评价值，根据一类病人的例均住院天数与基准住院天数的比值计算病例组合的权重；通过计算一个科室分类组内医师不同病例组合收治病人数与所述权重的二次加权，获得医生住院服务绩效考核结果；本发明的绩效指标基于病例组合，进而以工作量、技术含量和工作风险为依据对医生进行科学、准确地评价。