本发明公开一种果树脱毒苗制备方法，包括如下步骤：选取外观无明显病斑，长势良好的需要脱除病菌的果树成年树枝条，剪去叶片，得待消毒枝条；清洁待消毒枝条表面尘土，用漂水消毒，无菌水冲洗，得消毒枝条；将消毒枝条在无菌条件下用脱毒培养基培养，定期更换脱毒培养基，直至枝条脱毒，得脱毒枝条；脱毒枝条用于扦插繁殖。本发明方法使用脱毒培养基对果树枝条进行脱毒处理，方法简单易行，可以大规模制备果树脱毒苗，减少田间农药制剂的使用量，更加安全环保。本发明方法可应用于果树品种资源保护与复壮，例如用于柑橘资源品种的提纯复壮，脱除溃疡病菌后，可显著增强果树树势和提升果实品质，同时也保护了重要柑橘资源材料。