本发明涉及一种基于荷电强化过滤的船舶尾气黑碳深度脱除系统及方法，系统包括壳体以及与壳体相连通的高温脉冲反吹单元，壳体设有传感器及颗粒计数器采样口，传感器包括温度传感器和压力传感器；壳体内设有主通道和分通道，主通道内设有预荷电单元，分通道内设有过滤单元，分通道包括A通道和B通道，A通道、B通道为并联布置的交替运行通道。本发明通过切换通道实现过滤单元的交替运行，结合高温高压脉冲反吹清灰方式，可根据压差变化自动进行交替反吹清灰，实现系统运行的灵活智能调控，同时延长系统的使用寿命并实现高含硫烟气复杂运行工况下船舶黑碳的长期高效稳定捕集。