本发明涉及净水设备技术领域，具体涉及一种正反冲洗净水系统及其控制方法。本发明提供的正反冲洗净水系统，通过设置复合滤芯，并通过进水管路、净水出水管路、废水管路与复合滤芯内的第一滤芯和第二滤芯相连通，并在净水出水管路关断时，通过控制进水管路与所述废水管路的导通状态，从而在实现对两个滤芯的正冲洗或反冲洗或同时正反冲洗，实现冲洗方式的多样性，通过选择不同的冲洗方式，提升冲洗效果。