本发明涉及汽车发动机技术领域，公开的一种箱式后处理混合器及应用其的发动机，箱式后处理混合器包括外层管、设置于所述外层管内部的混合孔管以及沿气流方向设置于所述混合孔管前端和后端的多组旋流结构，各组所述旋流结构分别包括相互独立的多个旋流扇叶，且各所述旋流扇叶在转动中心相互分隔。本发明将传统后处理混合器的一体式旋流风扇，改进为分体式的旋流扇叶，通过将各旋流扇叶中心处形成分隔，减少在旋流扇叶中心处的尿素结晶，提高混合器内NH3在混合气体中的浓度均匀性，从而满足国VI箱式后处理两路SCR的NH3分配均匀，提升箱式后处理排放一致性。