本申请提出一种氢气脱氧干燥一体塔及控制方法，包括第一塔体和第二塔体，所述第一塔体和所述第二塔体的内部均混合填充脱氧催化剂和干燥剂，所述第一塔体的进气口和所述第二塔体的进气口通过第一管路连通，所述第一管路上设置第一阀门和第二阀门，位于所述第一阀门和所述第二阀门之间的第一管路上连通有进气管路用以通入氢气，通过设置第一塔体和第二塔体，塔体内混合填充脱氧催化剂和干燥剂，将脱氧器与干燥塔合并，在对氢气脱氧的同时进行干燥，减少设备数量，且第一塔体和第二塔体相互连通，两个塔体替换工作，当其中一个塔体过滤的氢气质量不满足要求时实现迅速切换至另一塔体，在保证氢气产品质量的同时实现系统的连续稳定运行。