本发明公开了一种野生大豆盐碱耐性综合评价方法，过程为：对选取的多份野生大豆材料芽期和幼苗期的耐盐碱性进行鉴定，芽期采用培养皿鉴定法，幼苗期采用土培鉴定法和水培鉴定法，计算出每份野生大豆材料两个生育时期三种鉴定方法下的耐碱能力综合评价值，然后将两个生育时期三种鉴定方法的耐碱能力综合评价值相加，根据相加后的总值评估每种野生大豆材料的盐碱耐性。通过水培鉴定法、土培鉴定法及培养皿鉴定法对野生大豆材料的芽期和幼苗期进行耐盐碱鉴定，对所得数据进行相关性分析、主成分分析和隶属函数分析，准确鉴定野生大豆材料对盐碱胁迫的耐性水平。