本发明提供一种3D荧光断层动物分子影像扫描设备，包括壳体、设于壳体内部开设有扫描腔内的透明放置机构、以及设于扫描腔内并套设于放置机构上方的扫描机构，扫描机构包括设于扫描腔底壁上的升降组件、设于升降组件上的调节组件、以及设于调节组件上的扫描件；调节组件包括一端通过转动件设于升降组件上且端面开设有扫描口的升降座、以及设于扫描口口壁上并在口壁上进行移动的移动件，移动件连接扫描件；扫描口的开口处形状呈圆形；本发明可以便捷地对活体小动物进行全面扫描，提高活体小动物成像细节，保证了成像细节的精确度。