本发明涉及面粉加工领域，更具体的说是一种面粉加工系统及加工方法，该方法包括以下步骤：加工研磨出的头磨面粉、清粉和南瓜粉分别通过导出的管道进行添加至面粉加工系统内；将管道混合阀门封闭关紧，避免分流仓内的面粉流出；在分流仓内通过存储的缓冲空间分别将面粉的缓和添加至均分管道内；通过调节三个阀门，控制流通的三种面粉的流通量，进行配比；下落的面粉经过自转搅拌器，进行下落并受到搅拌混合；通过调节呈载接收器，使面粉袋向上使排放管封闭插入；经过混合搅拌的混合面粉下落通过排放管定量落入面粉袋内；本发明的有益效果为在保障安全的前提下进行面粉的混合面粉，加工配比出一种南瓜面粉。