本发明提供了一种基于S变换频域阻抗的直流配电网纵联保护方法及系统，获取直流线路保护安装处节点的直流电压信号和电流信号；判断直流电压是否满足低电压启动条件，如果是，则直流线路发生故障，否则，重新获取直流电压信号和电流信号；计算故障后设定频段内的直流线路S变换频域电抗值和频域电阻值；分别进行S变换频域电抗极性方向判定和电阻值、电抗值与相应门槛值的判定，确定故障类型。本发明能够利用单端的方向判据和电阻判据快速识别出近端故障，缩短了近端故障的识别时间。对于远端故障或高过渡电阻故障，其采用纵联保护判据应对换流器和过渡电阻对保护可靠性的影响。