本发明公开了一种水体生态净化系统及其监测方法，涉及水体净化领域，针对现有的水体净化效率低，且无法实时对净化后的水体质量进行监测，导致其净化不达标直接排放影响环境的问题，现提出如下方案，其包括第一净化箱和第二净化箱，所述第一净化箱与第二净化箱结构相同，且均包括箱盖、箱体和箱底，所述第一净化箱和第二净化箱的箱体均设置有进水管和出水管，且所述进水管位于出水管的上方，且第一净化箱的出水管与第二净化箱的进水管之间连接有连接管，且所述连接管上安装有第一水泵。本发明不仅能够有效的提高水体净化效率，同时能够对净化后的水质进行实时监测，保证即将要排放的水质质量安全，避免造成环境污染。