本申请提供一种煤炭集装箱车辆调度系统、方法，涉及煤炭运输技术领域。该系统包括：硬件服务器、后台服务器、至少一个装卸终端、运单服务器、至少一个运单终端；硬件服务器，用于接收与硬件服务器通信连接的识别装置所采集到的入场信息，并将入场信息发送至后台服务器；后台服务器用于将入场信息、与预先存储的已登记的运输信息进行匹配，在匹配成功后向运单服务器发送目标堆场的标识、向位于目标堆场中的目标装卸终端发送装卸指令；运单服务器用于向目标运单终端发送目标堆场的标识；目标装卸终端，用于输出装卸指令，并在接收到装卸工对装卸指令的确认操作后，生成出入库信息。本方案极大地提高了对运煤车辆及集装箱的管理效率。