本发明提出了一种基于声呐技术的航道尺度检测和船舶航行监测系统，涉及船舶航行技术领域。该系统包括：船载前置侧扫声呐采集模块用于采集河床地形数字点云数据。立体视图生成模块用于根据数字点云数据生成船舶正前方河床的3D立体点云视图。通航检测模块用于将3D立体点云视图与标准航道理论尺度进行对照得到对照结果。专用船数据获取模块用于获取侧扫声呐扫测河床地形的实测数据。航道尺度数据计算模块用于得到航道尺度数据。航道尺度数据校验模块用于利用标准航道理论尺度对航道尺度数据进行核验。该系统根据船载侧扫声呐的实测数据得到船舶正前方的航道尺度数据，当船舶通过某个限制水域时，对航道尺度数据进行核验，以确定船舶能否通过。