本发明涉及一种基于补充勘探的采空区灾害治理方法，首先进行补充勘探以确定采空区内原回采工作面及区段煤柱的倾向范围，同时基于不同位置处补充勘探钻孔勘探的垮落带上部基本顶的位置，拟合出工作面回采后沿宽度方向的基本顶实际下沉值；然后计算基本顶理论下沉值，基于两者比较结果创造性的提出了采空区稳定区和采空区治理区的概念，即采空区无需全区域处理仅部分处理即可；最后基于地面稳定需求的高低给出了两种注浆钻孔布置方案，大大提高了钻孔施工位置精度、减小钻孔施工量、注浆充填量，节约成本与时间。