本发明公开了一种基于标定点检测和形状灰度模型匹配的医学图像分割方法，属于医学影像分析技术领域。该方法首先基于大量的样本图像及其标注结果，构建同时具有形状与灰度信息的参数化图谱；基于卷积神经网络创建解剖学特征点检测模型，并利用样本图像及其标注结果对模型进行训练；利用形状灰度模型的匹配与神经网络的预测结果，实现图谱与目标图像之间的高精度配准以及器官映射。本发明利用了图像区域的变形场表征模型的形状变化、引入了对灰度信息的建模以及解剖特征点的引导，在保证分割精度的同时提升了算法的鲁棒性，使其能够适用于不同噪声条件与对比度的医学图像。