本发明属于马桶控制技术领域，尤其涉及一种基于FMCW微波感应器的马桶手势控制方法及系统，包括获取所述FMCW微波感应器对预设检测区域内检测的当前环境检测信号；根据所述当前环境检测信号生成环境频谱信号；根据所述环境频谱信号获取预设检测区域内的实际手势动作信号；判断所述实际手势动作信号是否与预存的标准手势信号匹配；若判断为是，则生成智能马桶控制指令，并将所述智能马桶控制指令发送至智能马桶，所述智能马桶控制指令用于控制智能马桶作与所述智能马桶控制指令相匹配的动作。本发明实现在频谱信号的基础上实现对马桶的精准手势控制，进而满足用户的使用需求。