本发明公开了基于数字孪生的水下工程结构智能检测方法及系统，其中方法包括：根据水下工程结构的设计方案和实际工况，建立有限元主模型；基于有限元主模型，对水下工程结构进行评估预警，如果评估的结构性能不达标，就发出告警信息，跳转到维修步骤；如果结构性能达标，就根据评估结果生成检测点阵；基于检测点阵，进行水下工程结构的流场检测和结构检测，得到检测数据集；根据检测数据集，对有限元主模型进行更新，重新对水下工程结构进行评估预警。提出了一种建立水下工程结构数字孪生体的方法，基于无人潜航器进行流场的数据采集和结构的无损检测，构建了以有限元主模型为核心的数字孪生系统，实现水下结构性能的监控、评估及预警。